Xác định được tầm quan trọng của sản xuất nông nghiệp là một ngành chiếm tỷ trọng cao trong cơ cấu kinh tế, trong những năm qua, huyện Phù Ninh đã chú trọng thực hiện các chương trình sản xuất nông nghiệp trọng điểm, tập trung ở giải pháp áp dụng tiến bộ kỹ thuật vào sản xuất và đầu tư sản xuất và đầu tư sản xuất chế biến nông sản.
Các chương trình trọng điểm sản xuất lượng thực, chương trình phát triển cây chè và chương trình phát triển chăn nuôi đã đạt nhiều kết quả quan trọng. Giá trị tăng thêm bình quân đầu người từ 45 triệu đồng, giá trị sản phẩm bình quân trên 1ha đất canh tác và nuôi trồng thủy sản đạt 81 triệu đồng. Mặc dù còn gặp nhiều khó khăn, sản xuất lương thực của huyện vẫn bảo đảm, vụ chiêm xuân năm 2018 năng suất lúa đạt 6,07 tấn/ha. Diện tích chè toàn huyện là 928ha, năng suất 77tạ/ha. Tổng đàn lợn 87.000 con, tổng đàn gia cầm:1.192 nghìn con.
Huyện đã bổ sung hoàn chỉnh quy hoạch vùng sản xuất nông nghiệp, chế biến tiêu thụ sản phẩm, gắn với quy hoạch phát triển kinh tế - xã hội và quy hoạch xây dựng nông thôn mới; tập trung giải quyết tốt vấn đề tích tụ ruộng đất và xuất xứ hàng hóa theo hướng mỗi địa phương một sản phẩm, ưu tiên các địa phương có sản phẩm lợi thế như chè Tiên Phú, hồng Gia Thanh. Thực hiện chủ trương bảo vệ đất trồng lúa, trong quy hoạch sử dụng đất của huyện tập trung vào bảo vệ đất trồng lúa, giữ vững ổn định diện tích gieo trồng lúa cả năm của huyện là 3.850ha/năm. Đồng thời đã tổ chức tập huấn, tuyên truyền, hướng dẫn thủ tục đăng ký chuyển đổi cây trồng trên đất trồng lúa cho các tổ chức, cá nhân trực tiếp tham gia biết, thực hiện; phổ biến các mô hình chuyển đổi trên đất trồng lúa có hiệu quả, đảm bảo thu nhập cho người dân.
Công tác xây dựng, phát triển nông nghiệp, nông thôn nhất là hạ tầng sản xuất bố trí nguồn lực hợp lý ưu tiên cho hệ thống giao thông nội đồng, kênh mương, cải tạo các công trình, hồ đập, trạm bơm. Ngoài chính sách hỗ trợ của tỉnh hàng năm, huyện đã dành 1 phần ngân sách để hỗ trợ cho các chương trình sản xuất nông nghiệp. Chú trọng xây dựng kết cấu hạ tầng kinh tế, xã hội trong nông thôn, từ năm 2015 đến nay đã kiên cố được 9.437m kênh cấp III; 4,6km kênh cấp II, tu sửa nạo vét 3 hồ, xây mới 01 trạm bơm.
Đã thực hiện triển khai và phối hợp triển khai 9 dự án chuyển giao tiến bộ khoa học trên địa bàn, bao gồm các dự án về sản xuất và nhân các giống chè lai, chè chất lượng cao, cây ăn quả, cải tạo bò và khó sinh học. Thông qua thực hiện các chương trình dự án đến nay toàn huyện đã có hơn 900 ha chè giống mới có năng suất cao, chất lượng tốt, trên 90 ha hồng không hạt Gia Thanh, hơn 189 ha bưởi diễn, trên 100 con bò đực giống lai, trên 80% đàn bò đã được sin hóa, gần 2000 công trình khí sinh học đi vào hoạt động giúp môi trường chăn nuôi được cải thiện tốt.
Công tác chuyển giao tiến bộ khoa học công nghệ đã giúp hộ nông dân kịp thời tiếp thu, cập nhật với những tiến bộ kỹ thuật mới trong sản xuất nông nghiệp, ứng dụng vào sản xuất, đem lại hiệu quả kinh tế cao, nâng cao đời sống người nông dân. Đến tháng 7 năm 2018 toàn huyện hiện có 1.200 máy nông trong đó 195 máy làm đất, 120 máy vò lúa, 2 máy gặt đập liên hoàn và 492 máy hái và sao sấy chè. Việc ứng dụng cơ giới hóa vào sản xuất nông nghiệp đã giúp giảm được sức lao động, đảm bảo tính thời vụ và tăng hiệu quả kinh tế cho người nông dân.
Chính sách hỗ trợ, đầu tư vào nông nghiệp, nông thôn trong thời gian qua đã điều kiện thu hút các Doanh nghiệp đầu tư vào sản xuất chế biến nông sản, tạo điều kiện phát triển kinh tế trang trại, gia trại, củng cố các HTX, bước đầu hình thành chuỗi liên kết sản xuất - chế biến - tiêu thụ sản phẩm nông nghiệp, là động lực thúc đẩy công nghiệp hóa, hiện đại hóa nông nghiệp phát triển bền vững.
Công tác quản lý các loại vật tư nông nghiệp, thức ăn chăn nuôi được quan tâm, hàng năm đã tiến hành kiểm tra các cơ sở sản xuất, kinh doanh vật tư nông, lâm nghiệp, thủy sản trên địa bàn; bước đầu triển khai hiệu quả quản lý chất lượng nông, lâm sản, thủy sản đối với các sơ sở nhỏ lẻ; chú trọng tuyên truyền, phổ biến nâng cao nhận thức, trách nhiệm của người dân về đảm bảo vệ sinh ATTP từ khâu sản xuất sản phẩm nông sản đến bếp ăn tập thể.
Trong thời gian tới, để tiếp tục duy trì kết quả các chương trình nông nghiệp trọng điểm, huyện xác định tiếp tục bổ sung, điều chỉnh các quy hoạch đã xây dựng, phát huy lợi thế vùng để tạo ra sản phẩm lợi thế, sản phẩm truyền thống đặc trưng (mỗi xã một sản phẩm) đem lại hiệu quả kinh tế. Khuyến khích, tạo điều kiện để các doanh nghiệp đầu tư vào nông nghiệp, nhất là lĩnh vực sản xuất, bảo quản, chế biến, tiêu thụ các sản phẩm nông nghiệp, đồng thời làm tốt công tác quản lý các loại giống cây trồng vật nuôi trên địa bàn. Chủ động xây dựng cơ chế đầu tư hợp lý gắn với xây dựng nông thôn mới, quan tâm đến đầu tư kết cấu hạ tầng thủy lợi gắn với giao thông, tích tụ ruộng đất và bảo vệ môi trường.